La UNDL nace como idea hacia el final de la década de los noventas del siglo XX e inicia su formación y se consolida a través de un ejercicio de planeación estratégica participativa durante el año 1999.

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Su origen nace de la inquietud de sus fundadores, al observar, en el transcurso de  años como docentes de educación media-superior y superior, la necesidad de una formación adicional al conocimiento académico.

El proyecto se originó con algunas ideas, luego con una parte del grupo de académicos que inicialmente fueron de Mexicali, Tijuana y Ensenada que se habían desempeñado como docentes en la Universidad Autónoma de Baja California (UABC), otros el Centro de Enseñanza Técnica y Superior (CETyS Universidad), así como en Bachilleratos como El Centro de Bachillerato Tecnológico, Industrial y de Servicios (CEBTyS) y otros.